Louise Augusta regnes for at være datter af Caroline Mathilde og Struensee, da der på tidspunktet for hendes undfangelse ikke længere var nogen intim forbindelse mellem kongeparret og affæren mellem dronningen og Struensee var på sit højdepunkt. Officielt blev Louise Augusta dog af kongehuset anerkendt som Christian VII.'s datter.
Hun var ikke engang et år gammel, da hun blev skilt fra sin mor. Herefter voksede hun op i Juliane Maries (hendes sted-bedstemor) varetægt sammen med sin bror. Til Frederik havde hun hele sit liv et nært forhold. I 1768 giftede Louise Augusta sig med Frederik Christian af Slesvig-Holsten-Augustenborg-Sønderborg. Hun er oldemor til den sidste tyske kejserinde Auguste Viktoria.
Jens Juel
Olie på lærred, 1785
Bomann-Museum Celle / Stadt Celle
BM00934/ST
På samme tid som han malede billedet af hendes bror, malede den danske hofmaler, Jens Juel, portrættet af Louise Augusta. Den fjortenåriges træk ligner meget Struensees i kunstnerens portræt af denne i samme format.